戦闘中にメカユニットが破壊されると、永久に破壊されたままなのでしょうか？

メカが破壊された場合は、参戦していた戦闘では一時的に使用不可になりますが、永久に破壊されたままになるわけではありません。
ただし一定期間以上使用した場合は修理が必要となり、メカ情報ページから資源を消費することで修理が可能です。

ただしPvPモードではエカリウムを消費することで、全滅したスカッドを一定時間経過後に再出撃させることができ、
一部のメカが破壊されたスカッドを基地周辺に移動させると、耐久度の復旧及び破壊されたメカを再び出撃させることが可能となります。